Budova kostela sv. Jáchyma v Jáchymově měla plnit úlohu hlavního farního chrámu mladého horního města, které v první polovině XVI. století proslulo nejen v Království českém, ale po celém světě bohatými stříbronosnými doly a zde raženými tolary. Poloha města a vazby jeho vrchnosti – Šliků – byly důvody, proč většina obyvatelstva pocházela z více či méně vzdálených horních regionů Německa. Zároveň to byly důvody, které stály za poměrně snadným šířením myšlenek wittenberských reformátorů ve městě, kde se v průběhu let stal městským kazatelem Johann Mathesius, blízký přítel Martina Luthera.

Právě za Mathesia byl v letech 1534-1540 budován nový farní chrám, který měl nahradit dnešní špitální kostel. Jáchymovský chrám vznikal po vzoru velkolepých halových staveb v Krušných horách. Podobně jako chrám ve Schneebergu i on byl zvenku rytmizován opěrnými pilíři s mohutnou věží osazenou před presbytářem. Ačkoli i v tomto případě mělo jít o trojlodní halový kostel, jehož prostor by obíhaly empory, nebyl tento záměr nikdy plně realizován. Zabránilo tomu nestabilní podloží. Místo kamenných sloupů a těžké klenby muselo být při stavbě použito dřevo. Vnitřek kostela tak postupem času zakryl dřevěný kazetový strop podepřený velkými mohutnými dřevěnými sloupy a na zdi byly časem osazeny 2 patra dřevěných empor.

V duchu luteránských pravidel se výzdoba soustředila na tři kusy vybavení – kazatelnu, křtitelnici a oltář, který stejně jako oltář ve Schneebergu pocházel z dílny Lucase Cranacha. Na obou oltářích byly dokonce znázorněny stejné výjevy za Starého a Nového zákona.  Postupem času prostor trojlodí zaplnila další často sepulkrální umělecká díla jako epitafy či náhrobky. Během rekatolizace přibyly nové oltáře a kostel prošel rozsáhlými baroknímu úpravami. Cranachův oltář a další díla byly přesunuty do jiných částí kostela. Inventáře ukazují, že se v kostele nacházela díla předních umělců první poloviny XVI. století. Vedle Cranacha to byly i obrazy samotného Albrechta Dürera.

V březnu 1873 však město zachvátil požár, který zničil kostel. Kromě cínové renesanční křtitelnice shořelo vše, co v kostele bylo. Město s pomocí celoevropské veřejné sbírky a státní půjčky získalo dostatek finančních prostředků na svou obnovu a obnovu kostela. Městem vyhlášenou veřejnou soutěž na rekonstrukci stavby vyhrál architekt Josef Mocker. Ačkoli ve své práci respektoval zachované zdivo kostela a dřívější podobu jeho vnitřního uspořádání, přesto mnohé změnil, jak ukazují vyobrazení kostela před požárem. Co však zůstalo zachováno jsou jedinečné raně renesanční portály, z nichž západní portál plní funkci epitafu Štěpána Šlika – zakladatele města a hrdiny bitvy u Moháče (1526).

Kostel byl Mockerem zrekonstruován jako trojlodní hala s dřevěným kazetovým stropem, který podpírají kamenné sloupy. Na severní straně kostela byla nově vystavěna varhanní kruchta s jedinečnými varhanami. Zařízení kostela stejně jako jeho podobu navrhl architekt Mocker.