Po porážce stavů jedna část rodiny Šliků emigrovala do luteránského Saska. Zbytek rodu zůstal ve vlasti. Posledním žijícím příslušníkem mocného rodu, který zůstal v Čechách, byl Jindřich (IV.) Šlik (1580-1650). Po bitvě na Bílé hoře se přiklonil k Ferdinandu II. Habsburskému a přestoupil na katolickou víru.

Po svém příbuzném Jáchymu Ondřeji Šlikovi získal Planou u Mariánských Lázní a také Hauenštejn. Po více jak 100 letech obdržel rod Šliků v roce 1627 opět právo ražby. V mincovně v Plané u Mariánských Lázní razil Jindřich Šlik tzv. Anenské stříbrné tolary.

Jindřich Šlik se stal se polním maršálem a roku 1632 byl jmenován prezidentem Dvorské válečné rady ve Vídni. Po zavraždění Albrechta z Valdštejna, roku 1634 v Chebu, získal Jindřich Šlik část jeho jmění ve východních Čechách –  Kunštát, Kopidlno, Staré Hrady, Veliš,  Ploskovice. Panství v západních Čechách – Hauenštejn a Planou později prodal jeho syn a rod trvale přesídlil do východních Čech. Větev kopidlnská, která žije ve východních Čechách, je přímou linií větve ostrovské. Loketská větev Šliků vymřela po meči v polovině 16. století, falknovská (sokolovská) větev ve 2. polovině 17. století.

Jindřich Šlik byl posledním žijícím členem mocné západočeské větve rodu a zakladatelem větve kopidlnské (patřil jim zámek a panství Kopidlno u Jičína).

V roce 1948 byl Šlikům veškerý majetek zestátněn. V rámci restitucí byla v 90. letech 20. století rodině navrácena část majetku – zámek Jičíněves, zámek Vokšice, hrad Velíš a Prachovské skály u Jičína. Větev kopidlnská, která žije na zámcích v Jičíněvsi a Vokšicích ve východních Čechách, je přímou linií větve ostrovské.